Agrégé d'histoire, docteur de lettres et sciences humaines, professeur à l'université de Paris I- (Panthéon Sorbonne) et directeur du département d'études cinématographiques.
Délégué artistique du Festival du cinéma italien d'Annecy - Membre du comité de rédaction de la revue de cinéma Positif - Mais c'est surtout en tant qu'historien, dans le cadre de l'AFRHC (Association Française de Recherche sur l'Histoire du Cinéma) dont il est le président, et comme rédacteur de la revue 1895, qu'il impulse depuis des années une recherche multiple et féconde dans des domaines jusqu'alors peu étudiés parce que situés à l'écart des urgences de l'actualité et des impératifs de la médiatisation.
Jean Gili est l'auteur d'une abondante bibliothèque en tant que connaisseur reconnu du cinéma italien depuis sa spécialisation en ce domaine lors d'un séjour à l'Ecole française de Rome (1975-1977) suivi d'une fonction d'attaché de recherche au CNRS (1979-1982). Sa familiarité très pointue avec le cinéma transalpin l'a conduit à s'en faire l'historien minutieux et le propagandiste éclairé dans de nombreux ouvrages et la supervision de rétrospectives. Bien entendu, sa compétence ne se limite pas à cette cinématographie, comme en témoigne son activité critique.
Il est l'auteur de différents ouvrages sur le cinéma : Howard Hawks, Seghers, 1971 - Francesco Rosi, cinéma et pouvoir, Le Cerf, 1977 - Le cinéma Italien, U.G.E, 2 vol, 1978 et 1982, coll. 10/18(recueils d'entretiens) - Luigi Comencini, Edilig, 1981 - La Comédie Italienne, Henri Veyrier, 1983 - L'Italie de Mussolini et son cinéma, Henri Veyrier, 1985 - Le cinéma Italien à l'ombre des faisceaux, Institut Jean Vigo, 1990 (recueils d'entretiens) - Paolo et Vittorio Taviani, entretien au pluriel, Institut Lumière / Actes Sud, 1993 - Le cinéma Italien, Edition de la Martinière, 1996 - Elio Petri et le cinéma Italien, Rencontres du cinéma Italien, 1996. Il est auteur de documentaires pour la télévision : Les Artisans de l'imaginaire (sur Cinecittà), 52 minutes, tf1, 1984 (réalisation Robert Bellet) Les comédies du néoréalisme, 42 minutes, La Sept / Arte, 1990 (réalisation Jean-Luc Léon) Mauro Bolognini au delà du style, 108 minutes, 1992 (réalisation Richard Frances et Philippe Jamont), inédit La Comédie italienne de Totó à Begnini, 60 minutes, Arte, 1999 (réalisation Jorge Dana)